Il était une fois le gène de Siddhartha Mukherjee – une symphonie de chercheurs

Les progrès de la science dépendent de nouvelles techniques, de nouvelles découvertes et de nouvelles idées, probablement dans cet ordre – Sydney Brenner
Toute science est soit de la physique soit de la collection de timbres – Ernest Rutherford

Je ne savais pas grand-chose de la génétique, à l’exception de mes données ici et là sur les startups en biotechnologie. Mais grâce à son livre Il était une fois le gène, Siddhartha Mukherjee me fait croire que j’en sais beaucoup plus. Sa brillante histoire est comme une symphonie, décrivant les premiers jours de la génétique, avec Darwin et Mendel et les derniers développements de cette science fascinante. Il y a des citations brillantes comme les deux ci-dessus, respectivement page 202 et 221 (de la version anglaise). Et il y a des portraits merveilleux.

Je ne donnerai ici que quelques-uns d’entre eux, au sens propre, comme quiz…

Mais avant de découvrir la réponse, voici un extrait (en anglais) du livre. Il s’agit d’une célèbre anecdote à l’origine de la création de Genentech.

Et voici aussi une analyse très intéressante de ce que sont la science, la technologie et la biologie:
« Ne vous laissez pas bercer par cette description. Ne soyez pas, gentil lecteur, tenté de penser – « Mon Dieu, quelle recette compliquée! » – pour ensuite être assuré que quelqu’un n’apprendra pas à comprendre ou à manipuler cette recette de manière délibérée.

« Quand les scientifiques sous-estiment la complexité, ils sont la proie des périls de conséquences imprévues. Les paraboles d’une telle portée scientifique sont bien connues: les animaux étrangers, introduits pour lutter contre les parasites, deviennent des espèces nuisibles à part entière; l’élévation des cheminées, destinée à alléger la pollution urbaine, libère des effluents particulaires plus élevés dans l’air et exacerbe la pollution; stimuler la formation de sang, destiné à prévenir les crises cardiaques, épaissit le sang et entraîne un risque accru de caillots sanguins dans le cœur.

« Mais quand les non-scientifiques surestiment la complexité – «Personne ne pourra craquer ce code» – ils tombent dans le piège des conséquences non-anticipées. Au début des années 1950, un certain nombre de biologistes considéraient que le code génétique dépendrait tellement du contexte – si déterminé par une cellule particulière d’un organisme particulier et si horriblement alambiqué – que le déchiffrer serait impossible. La vérité s’est révélée être tout le contraire: une seule molécule porte le code, et un seul code décrit le monde biologique. Si nous connaissons le code, nous pouvons intentionnellement le modifier dans les organismes, et finalement chez les humains. De même, dans les années 1960, beaucoup doutaient que les technologies de clonage de gènes puissent si facilement transférer des gènes entre espèces. En 1980, fabriquer une protéine de mammifère dans une cellule bactérienne ou une protéine bactérienne dans une cellule de mammifère n’était pas seulement faisable; c’était, selon les mots de berg, plutôt «ridiculement simple». Les espèces étaient spécieuses. « Etre naturel » était « souvent juste une pose ». [Page 408] […]

« La technologie, ai-je déjà dit, est la plus puissante lorsqu’elle permet les transitions – entre mouvement linéaire et circulaire (la roue), ou entre le monde réel et le monde virtuel (l’Internet). La science, en revanche, est la plus puissante quand elle élucide les règles d’organisation – les lois – qui agissent comme des lentilles à travers lesquelles on peut voir et organiser le monde. Les technologies cherchent à nous libérer des contraintes de nos réalités actuelles à travers ces transitions. La science définit ces contraintes, en dessinant les frontières extérieures des limites de ce qui est possible. Nos plus grandes innovations technologiques portent ainsi des noms qui revendiquent nos prouesses sur le monde: le moteur – engine – (de ingenium, ou «ingéniosité») ou l’ordinateur – computer – (de computare, ou «compter ensemble»). En revanche, nos lois scientifiques les plus profondes sont souvent nommées d’après les limites de la connaissance humaine: l’incertitude, la relativité, l’incomplétude, l’impossibilité.

« De toutes les sciences, la biologie est la plus anarchique; il y a peu de règles au départ, et encore moins de règles universelles. Les êtres vivants doivent, bien sûr, obéir aux règles fondamentales de la physique et de la chimie, mais la vie existe souvent sur les marges et les interstices de ces lois, les pliant vers des limites presque brisées. L’univers cherche des équilibres; il préfère disperser l’énergie, perturber l’organisation et maximiser le chaos. La vie est conçue pour combattre ces forces. Nous ralentissons les réactions, concentrons la matière et organisons les produits chimiques en compartiments. «Il semble parfois que freiner l’entropie est notre but chimérique dans l’univers», écrit James Gleick. » [Page 409]

Et la réponse au quiz visuel

Charles Darwin Gregor Mendel William Bateson Thomas Morgan Alfred Sturtevant
Calvin Bridges Hermann Muller Hugo de Vries Ronald Fisher Theodosius Dobjansky
Frederick Griffith Oswald Avery Max Perutz George Beadle Edward Tatum
Linus Pauling James Watson Francis Crick Rosalind Franklin Maurice Wilkins
Arthur Pardee François Jacob Jacques Monod Edward Lewis Christiane Nüsslein-Volhard
Eric Wieschaus Sydney Brenner Robert Horvitz John Sulston Paul Berg
Arthur Kornberg Janet Merz Herbert Boyer Stanley Cohen Frederick Sanger
Walter Gilbert Craig Venter Allan Wilson Luigi Luca Cavalli-Sforza Shinya Yamanaka
Jennifer Doudna Emmanuelle Charpentier

Innovations virtuelles ?

Je n’avais pas contribué à Entreprise Romande depuis un moment, ce qui pourrait être la raison de ma relative fatigue face au flux continu d’innovations (virtuelles?). Voici ma dernière contribution…

Lorsque le rédacteur de votre magazine préféré m’a demandé une nouvelle chronique sur l’innovation en évoquant pêle-mêle le bitcoin, l’intelligence artificielle, la protection des données, les GAFAs et la Chine, j’ai été saisi sinon d’un léger vertige, en tout cas d’une certaine lassitude. Il a suffi que j’ajoute à cette liste Fake news, voyages sur Mars ou remplacement de l’homme par la machine pour que ma passion continue pour les startups et l’innovation technologique se transforme en léger cauchemar. Il me semble en effet que plus l’on parle d’innovation et moins on innove réellement.

Quand j’explique mon léger scepticisme à tout interlocuteur, celui-ci commence en général par mentionner le remplacement de la caissière de la Migros par une machine. Je lui rétorque qu’il me semble que c’est nous, acheteurs, qui avons remplacé la caissière. Si les média ont relayé en 2011 l’annonce de Foxconn qu’elle voulait installer un million de robots en 3 ans, menaçant à terme les 1,2 millions d’employés, une recherche en ligne indique aujourd’hui qu’elle a une capacité à installer 10000 robots par an, et toujours le même nombre d’employés.

La Silicon Valley ayant été à l’origine des innovations majeures de ces cinquante dernières années est scrutée plus attentivement. Bien sûr les GAFAs représentent une réelle menace : les deux A deviennent le supermarché du monde alors que G et F les soutiennent à force de publicités basées sur des données que nous avons bien voulu leur donner, les mettant en situation de quasi-monopole. Mais vous avez bien lu, supermarché, publicité. Et c’est ce qu’on appelle des innovations majeures ?

Et que dire du capital-risque mondialisé ? Softbank vient d’annoncer le lancement d’un fonds de 100 milliards, de loin le plus grand jamais constitué. Dans les deux derniers mois, 10 startups de l’internet (dont Dropbox et Spotify) ont annoncé leur intention d’aller en bourse. Les chiffres donnent le vertige : elles ont réalisé 10 milliards de revenus et 2 milliards de pertes au total en 2017, grâce à 4 milliards de fonds levés depuis leur création. Le capital-risque est devenu une machine infernale qui, comme la Chine et les GAFAs, semble inarrêtable. Mais le capital-risque qui finançait en 1976 Genentech et Apple avec quelques millions finance aujourd’hui massivement « l’ubérisation » du monde, nouveau supermarché global, et de moins en moins la « deeptech ». Je vois dans ces tendances une mondialisation accélérée mais peu d’innovations majeures.

Quand je pense aux innovations de demain, je pense à la fusion nucléaire qui résoudra nos problèmes énergétiques, à la recherche sur le sida ou le cancer qui nous débarrassera de ces fléaux comme nous avons pu nous débarrasser des maladies précédentes, je pense à solutions de rupture pour l’eau, l’alimentation, la mobilité. Tom Perkins, grand capital-risqueur de la Silicon Valley, pensait que les innovations de notre temps reposaient sur trois inventions majeures, la machine à vapeur, l’électricité et surtout le transistor qui a rendu possible toutes les technologies qui semblent nous menacer aujourd’hui. Mais où est la prochaine invention ? Je me reconnais dans la phrase de Peter Thiel : « nous voulions des voitures volantes ; à la place, nous avons eu 140 caractères. »

Ne vous méprenez pas, l’innovation a été exceptionnelle au XXe siècle et les développements continuent. En biotechnologie, la technologie Crispr-CAS9 [1] est aussi prometteuse que la révolution génétique des années 70. Trois startups, Crispr Therapeutics, Intellia Therapeutics et Editas Medicine sont entrées en bourse en 2016 et promettent de soigner 10000 maladies. Mais aujourd’hui ces trois sociétés représentent moins de 70 millions de dollars de revenus et plus de 200 millions de pertes en 2017. Nous n’avons pas pour autant encore de thérapie génique ni de médecine personnalisée. L’Alphago de Google a battu le meilleur joueur de go mais les méchantes langues disent que ce n’est que la plus grande puissance de calcul et le plus grand stockage de données des ordinateurs qui a permis pareille performance, mais aucune invention ni intelligence particulière. Dans un contexte plus complexe, la machine ne se mesure pas à l’humain. Et que va réellement nous apporter la multiplication du Big Data ? Mais les promesses des uns aux politiciens et des autres aux actionnaires, amplifiées par les médias, sont parfois une insulte à l’intelligence : pourquoi parasiter l’esprit humain de promesses d’innovations (virtuelles) parfois plus abracadabrantesques les unes que les autres et au final décevantes quand le monde réel est suffisamment complexe et passionnant ?

[1] https://www.investors.com/news/technology/crispr-gene-editing-biotech-companies/

Ce que nous ne saurons jamais

C’est le troisième livre que je lis de Marcus du Sautoy. Après la Symphonie des nombres premiers et La symétrie ou les maths au clair de lune, voici Ce que nous ne saurons jamais.

Sept frontières de la connaissance selon du Sautoy: l’aléatoire et le chaos, la physique des particules et l’infiniment petit, la physique quantique et l’espace, l’univers et l’infiniment grand, le temps et la gravité, la conscience, la/les mathématique(s).

Pour l’illustrer, voici deux courts extraits:

Du Sautoy demande ce qu’est le B. dans Benoit B. Mandelbrot et la réponse est Benoit B. Mandelbrot. Joli!

Et tout aussi joli sur la « pureté des disciplines » traduit de xkcd.com

Si vous aimez la/les science(s) ou la/les mathématique(s), un incontournable!

Les start-ups en biotechnologie sont-elles différentes?

C’est un travail de recherche que j’ai fait récemment et après avoir essayé très brièvement de le publier dans des journaux académiques, j’ai arrêté d’essayer. Peut-être que ce n’est pas assez bon. Peut-être que le monde de la recherche et moi n’allons pas bien ensemble! C’est le résultat de deux séries de recherches que j’ai menées pendant des années, l’une sur les startup liées à Stanford et l’autre sur l’equity dans les startup.

Je vous encourage à le lire si le domaine vous intéresse ou à jeter un coup d’œil aux tableaux ci-dessous que j’ai extraits de ce court document de cinq pages.

Enfin, une explosion de nouveaux projets d’entrée en bourse dans l’IT

Au cours des dernières années, il y avait eu des projets réguliers d’entrée en bourse dans le domaine de la biotechnologie, mais les startup IT semblaient attendre. Puis Dropbox et Spotify l’ont fait avec succès. Cela a probablement donné confiance aux «licornes» et beaucoup ont récemment déposé leur S-1, comme Smartsheet, DocuSign, Zuora. Carbon Black est le dernier en date avec une histoire intéressante. Voici son document S-1 et plus bas sa table de capitalisation.

Carbon Black a été fondée en 2002, a levé près de 200 millions de dollars depuis sa création (sans compter l’argent levé par 4 startups acquises: Confer Technologies, Objective Logistics & VisiTrend). Elle a une liste royale de VsC, comme Kleiner Perkins, Sequoia, Highland, Atlas ou des fonds moins connus tels que .406 ou Accomplice. Je ne sais pas qui étaient les fondateurs, mais j’ai trouvé le nom de Todd Brennan qui est parti en 2008. Qui d’autre, aidez-moi! Enfin, la société est basée près de Boston, pas dans la Silicon Valley … Ceci est juste la dernière de mes compilations, que vous pouvez trouver dans un post précédent Startups et Actionnariat.

Hillbilly Elegy, dérangeant, émouvant et puissant

Un autre livre à lire sur la crise de notre temps. Après Piketty ou d’autres, ou une analyse moins connue de l’Amérique des petites villes de vivre n’importe où et non pas quelque part, voici «l’analyse perspicace de J. D. Vance sur Trump et le Brexit».

Voici quelques extraits (de ma traducion de la version américaine)

Si l’appartenance ethnique est un côté de la médaille, alors la géographie est son revers. [Page 3]

Il n’est donc pas surprenant que nous soyons un groupe pessimiste. Ce qui est plus surprenant, c’est que, comme l’ont montré les enquêtes, les blancs de la classe ouvrière constituent le groupe le plus pessimiste en Amérique. Plus pessimistes que les immigrants latinos, dont beaucoup souffrent d’une pauvreté impensable. Plus pessimiste que les Américains noirs, dont les perspectives matérielles restent à la traîne par rapport à celles des Blancs. Bien que la réalité permette un certain degré de cynisme, le fait que les hillbillies comme moi soient plus sombres sur l’avenir que beaucoup d’autres groupes – dont certains sont clairement démunis – suggère qu’il se passe quelque chose d’autre. [Page 4]

L’ampleur de la migration est stupéfiante. Dans les années 1950, treize résidents du Kentucky sur cent ont migré hors de l’état. Certaines régions ont vu une migration encore plus grande: le comté de Harlan, par exemple, qui a été rendu célèbre par un documentaire oscarisé sur les grèves de charbon, a perdu 30% de sa population en raison des migrations. EN 1960, sur les dix millions de résidents de l’Ohio, un million était né au Kentucky, en Virginie-Occidentale ou au Tennessee. Cela n’inclut pas le grand nombre de migrants venus d’ailleurs, dusud des Appalaches; cela n’inclut pas non plus les enfants ou les petits-enfants des migrants qui étaient des gens des collines jusqu’à la moelle. [Page 28]

La famille de Mamaw a participé au flux migratoire avec enthousiasme. De ses sept frères et soeurs, Pet, Paul et Gary ont déménagé en Indiana et ont travaillé dans la construction. Chacun d’entre eux possédait une entreprise prospère et gagnait beaucoup d’argent dans le processus. Rose, Betty, Teaberry et David sont restés derrière. Tous ont lutté financièrement, bien que tout le monde sauf David a réussi une vie d’un confort relatif pour les normes de leur communauté. [Page 29]

Dérangeant, émouvant et puissant …

Claude Shannon, un mathématicien honorable?

A Mind at Play est un livre très intéressant pour plusieurs raisons. Le sous-titre « Comment Claude Shannon a inventé l’ère de l’information » en est une raison. C’est une belle biographie d’un mathématicien dont la vie et la production ne sont pas si connues. Et qu’est-ce que l’information? Je vous invite à lire ces 281 pages ou si vous êtes trop paresseux ou occupé, au moins la page sur Shannon sur Wikipedia.

Ce sur quoi je me concentre ici, c’est la tension permanente entre les mathématiques et l’ingénierie, entre (ce que les gens aiment parfois opposer) les mathématiques pures et appliquées. Les mathématiques pures seraient honorables, les mathématiques appliquées ne le seraient pas, si nous admettons qu’il existe une mathématique pure ou appliquée. Alors laissez-moi extraire quelques courts passages éclairants.

Le mathématicien typique n’est pas le genre d’homme à mener un projet industriel. Il est un rêveur, pas très intéressé par les choses ou les dollars pour lesquels elles peuvent être vendues. Il est perfectionniste, ne veut pas faire de compromis; idéalise jusqu’à l’impraticabilité; est tellement préoccupé par l’horizon lointain qu’il ne peut pas garder son œil sur la balle. [Page 69]

Dans le chapitre 18, intitulé Mathematical Intentions, Honorable and Otherwise, les auteurs creusent plus encore: [Le mathématicien] professe avant tout la fidélité au monde «austère et souvent aberrant» des mathématiques pures. Si les mathématiques appliquées se préoccupent de questions concrètes, les mathématiques pures existent pour elles-mêmes. Ses questions cardinales ne sont pas: «Comment crypter une conversation téléphonique?» Mais plutôt «Y a-t-il une infinité de nombres premiers jumeaux?» Ou «Chaque affirmation mathématique vraie a t-elle une preuve?» Le divorce entre les deux écoles a des origines anciennes. L’historien Carl Boyer le fait remonter à Platon, qui considérait le calcul comme convenable pour un marchand ou un général, qui «doit apprendre l’art des nombres sinon il ne sait pas comment répartir ses troupes». Mais le philosophe doit étudier les mathématiques supérieures ». Parce qu’il doit sortir du vaste océan du changement et s’emparer de l’être véritable. « Euclide, le père de la géométrie, était encore plus snob ». Il y a une légende sur lui quand un de ses étudiants demanda quel usage avait l’étude de la géométrie, Euclide avait demandé à son esclave d’accorder trois pence à l’étudiant, «puisqu’il doit profiter de ce qu’il apprend».
Plus proche de notre époque, le mathématicien G. H. Hardy écrirait au début du vingtième siècle ce qui devint le texte fondateur des mathématiques pures. L’Apologie d’un mathématicien est un «manifeste pour les mathématiques», qui a emprunté son titre à l’argument de Socrate face aux charges liée à sa peine capitale. Pour Hardy, l’élégance mathématique était une fin en soi. « La beauté est le premier test », insistait-il. « Il n’y a pas de place permanente dans le monde pour les mathématiques laides ». Un mathématicien n’est donc pas un simple « solutionneur » de problèmes pratiques. Lui, «comme un peintre ou un poète, est un créateur de modèles. Si ses modèles sont plus permanents que les leurs, c’est parce qu’ils sont faits d’idées. » En revanche, les mathématiques appliquées ordinaires étaient «ennuyeuses», «laides», «triviales» et «élémentaires»
Et un (célèbre) lecteur de l’article de Shannon l’a rejeté avec une phrase qui irritèrent les partisans de Shannon pendant des années: «La discussion est suggestive tout au long, plutôt que mathématique, et il n’est pas toujours clair que les intentions mathématiques de l’auteur soient honorables. » [Pages 171-2]

Cela me rappelle un autre grand livre que j’ai lu l’an dernier, mathematics without apologies, avec un chapitre intitulé « Not Merely Good, True and Beautiful ». Shannon était un « tinkerer » (un bricoleur), un terme que j’ai découvert quand j’ai lu la biographie de Noyce, un autre bricoleur brillant. C’était un bricoleur brillant et c’était un mathématicien brillant. Il avait lui-même de fortes opinions sur la qualité de la recherche scientifique (pure ou appliquée – qui se soucie vraiment?): nous devons maintenir notre propre maison en première classe. Le sujet de la théorie de l’information a certainement été vendu, sinon survendu. Nous devrions maintenant nous intéresser à la recherche et au développement au plus haut niveau scientifique que nous puissions maintenir. La recherche plutôt que l’exposition est la note maîtresse, et nos seuils critiques devraient être relevés. Les auteurs ne doivent soumettre leurs meilleurs efforts qu’après des critiques précises d’eux-mêmes et de leurs collègues. Quelques articles de recherche de premier ordre sont préférables à un grand nombre d’articles mal conçus ou à moitié finis. Ces derniers ne sont pas à mettre au crédit de leurs auteurs et une perte de temps pour leur lecteur. [Page 191]

Un bricoleur de génie comme le montre la video qui suit…

et semble-t-il concepteur du (ou d’un des) premier ordinateur qui jouait aux échecs. C’était un jongleur et un monicycliste…

Dans le chapitre Constructive Dissatisfaction, le sujet est l’intelligence. Il faut du talent et de la formation, mais aussi de la curiosité et même de l’insatisfaction: pas le type d’insatisfaction dépressive (dont, sans la mentionner, il avait vécu sa juste part), mais plutôt une « insatisfaction constructive », ou « une légère irritation quand les choses ne semblent pas aller comme il faut ». C’était au moins une image rafraîchissante et non sentimentale du génie: un génie est simplement quelqu’un qui est irrité utilement. Il avait aussi proposé une description de sis stratégies pour trouver une solution aux problèmes: simplifier, encercler, reformuler, analyser, inverser et étendre. Vous aurez besoin de lire le chapitre, pages 217-20.

Il était aussi un bon investisseur. En fait, il était proche de fondateurs de startups et avait un accès privilégié à des gens comme Bill Harrison (Harrison Laboratories) et Henry Singleton (Teledyne) et bien qu’il ait utilisé ses connaissances pour analyser les marchés boursiers voici ce qu’il a à dire sur les investissements: Beaucoup de gens regardent le prix des actions, quand ils devraient regarder les fondamentaux d’une entreprise et ses revenus. il y a beaucoup de problèmes liés à la prédiction des processus stochastiques, par exemple les bénéfices des entreprises … Mon sentiment général est qu’il est plus facile de choisir des entreprises qui vont réussir que de prédire des variations à court terme, des choses qui durent seulement des semaines ou des mois, dont ils s’inquiètent au Wall Street Week. Il y a beaucoup plus de hasard là-bas et il se passe des choses que vous ne pouvez pas prédire, ce qui amène les gens à vendre ou à acheter beaucoup d’actions. Au point de répondre à la question de la meilleure théorie de l’information pour l’investissement, « l’information des initiés. » [Page 241-2]

Un génie, un homme sage, un mathématicien honorable!

Les incubateurs sont pour les poulets

J’aurais pu tweeter seulement (et pas blogué) sur l’image ci-dessous. Son auteur que j’ai rencontré aujourd’hui m’a autorisé à la mettre en ligne. Il est bon de se rappeler les principes fondamentaux, les bases de l’entrepreneuriat. Cela ne signifie pas que les entrepreneurs n’ont pas besoin de soutien, mais pas trop, sauf s’ils sont trop fragiles. Par le passé, j’avais entendu beaucoup de choses similaires (incubateurs – incinérateurs?), Et Wikipédia explique que les incubateurs remplissent diverses fonctions, comme un dispositif servant à accueillir des bébés prématurés, un dispositif servant pour des œufs dans les exploitations avicoles. Une fois qu’ils sont hors des incubateurs, au moins ils sont prêts pour les accélérateurs…


« Les incubateurs sont pour les poulets. »